پزشکان عموما بیماری عدم تحمل لاکتوز را طی انجام یک تست ساده تنفسی هیدروژن، تشخیص می دهند. بدین صورت که شخص برای ارائه نمونه تنفسی اش، درون یک لوله می دمد، سپس مجددا پس از مصرف یک محلول حاوی لاکتوز یا یک غذایی حاوی لاکتوز، نمونه ای دیگر را ارائه می کند. اگر شخصی به عدم تحمل لاکتوز مبتلا باشد، این آزمایش نشان آن را خواهد داد؛ بدین صورت که در تنفس این شخص مقادیر بیشتری از متان و هیدروژن نسبت به سطوح میانگین وجود دارد. چرا که لاکتوز هضم نشده منجر به تولید سطوح بالاتری از این گازها در سیستم بدن می گردد که می توانند در تنفس تشخیص داده شوند. از آن جا که برخی غذاهای خاص، داروها و قرار گرفتن در معرض دود سیگار می توانند بر صحت این تست تاثیر گذارند؛ پزشک ممکن است رعایت برخی احتیاط ها قبل از انجام تست را توصیه نماید.
