شیر مادر، درصد ابتلای شیرخوار به آلرژی را کاهش می دهد و کاهش ظاهر شدن علائم حساسیت از دیگر مزایای شیر مادر به شمار می رود.
کودکانی که از شیر مادر تغذیه می کنند در بزرگسالی خصوصاً در دوران بلوغ کمتر به آلرژی و آسم مبتلا می شوند و از آن جایی که شیر مادر دارای مواد ضد آلرژی است، تحریکات سیستم ایمنی شیرخوار نیز کاهش می یابد.
مولکول هایی در شیر مادر وجود دارد که در جذب شیر به بدن شیرخوار هیچ گونه تحریکاتی را به وجود نمی آورد؛ از این رو توصیه می شود در 6 ماه نخست تولد، کودک تنها با شیر مادر تغذیه شود.