علی رغم فواید مسلم ماهی، هشدار در مورد آلوده شدن آبهایی كه منجر به افزایش تدریجی مواد سمی در ماهی می شود، هم افزایش یافته است. این مواد شامل جیوه و سم شیمیایی باعث نقصان یا خنثی كردن فواید ماهی می شود. چون زنان باردار و كودكان آسیب پذیرند پزشكان سفارش می كنند مراقبتهای ویژه ای شوند و توصیه می شود از خوردن ماهیان بزرگی كه به انباشت مواد سمی تبدیل شده اند، جلوگیری شود. مثل شمشیر ماهی، آجر ماهی و ماكرل، كنسرو ماهی تون هم كمتر استفاده شود. دكتر دیوید سیسكوویك (David Siscovick) پروفسور دارو و اپیدمیولوژی دانشگاه واشنگتن می گوید: هنوز برای هیچ جامعه ای مدركی دال بر این بدست نیامده كه سمی مثل جیوه كه روی مواد اطراف خود اثر می گذارد، باعث شده باشد كه ضررهای خوردن ماهی بیشتر از سود آن شود.
محققان هنوز نمی دانند كه چرا خوردن ماهی چشم را حفظ می كند. دكتر امیلی چو (Emily Chew) از انستیتو ملی چشم امریكا می گوید: اسیدهای چرب امگا3 می تواند رادیكال های آزاد را در چشم خنثی كند، از آرایش جدید رگهای خونی جلوگیری می كند، التهاب چشم را كاهش می دهد و یا هر سه كار را انجام می دهد.
سیسكوویك می گوید: فواید یك رژیم غذایی از ماهی چرب ابتدا در اسكیموهای گرینلند و ژاپن مشاهده شدند. كمتر از 2 تا 3 اونس (هر اونس 31.1 گرم) خوردن ماهی در هفته سبب بهبود سلامت قلبی عروقی می شود.
