از مشکلاتي که براي خشکبار فله به وجود مي‌آيد، مي‌توان به نشست گردو غبار بر آنها اشاره کرد زيرا گرد و خاک هوا مي‌توانند حاوي اسپور (هاگ) ميکروب‌هاي بيماري‌زا باشند. متاسفانه عده‌اي تصور مي‌کنند، مي‌توانند با تکاندن يا فوت کردن اين خشکبار آنها را تميز مي‌کند كه اين كار اصلا منطقي نيست.
مساله تازگي يا کهنگي خشکبار دومين مورد نگران‌کننده است زيرا هيچ سندي بر زمان توليد آنها موجود نيست.
سومين نکته مشخص‌نبودن توليدکننده اين محصول است که در صورت بيماري‌زا بودن آن، مصرف‌کننده نمي‌تواند شکايتي از او داشته باشد.
مورد چهارم خلأ کنترل کيفي براي اين محصولات است چرا که در بازار محصولات فله رقابت معنا ندارد؛ چون توليدکنندگان نام و اعتباري ندارند که بخواهند از ديگران پيشي بگيرند.
پنجمين مساله آلودگي سم آفلاتوکسين در خشکبار است. تحقيقات دانشگاه‌هاي کشور نشان داده‌اند که موارد بسيار زيادي از خشکبار توليدشده در مناطق مرطوب يا تحت عمليات پر رطوبت، آلوده به کپک‌هاي ميکروسکوپي هستند؛ کپک‌هايي که سم آفلاتوکسين توليد مي‌کنند و اين سم قطعا باعث سرطان کبد مي‌شود و خطر سقط جنين و عقب‌افتادگي مغز هم برايش گزارش شده است.
ششمين مورد هم مساله رنگ و مزه نامطلوب برخي از خشکبارهاي فله‌اي است به طور مثال، چربي گردوهاي تيره و ارزاني که براي مصرف خورشي فروخته مي‌شود، فاسد هستند.
