مطالعات نشان داده اند که یکی از ریسک فاکتورهای بیماریهای قلبی عروقی بالا بودن میزان کلسترول خون بوده است وثابت شده است که سویا وفراورده های آن باعث کاهش کلسترول وکم شدن ریسک بیماریهای قلبی عروقی می شوند. .سویا این اثر را از طریق ترکیبات متعددی اعمال می کند. فیتواسترولها از نظر شیمیایی شبیه به کلسترول بوده واز طریق رقابت با جذب روده ای کلسترول ،پائین آورنده کلسترول خون می باشند .
ثابت شده است که اسیدآمینه لیزین ومتیونین باعث افزایش کلسترول می شوند ولی آرژنین اثر معکوس دارد،پروتئین سویا مقدار بیشتری آرژنین نسبت به لیزین ومتیونین داردواین نسبت باعث کاهش ترشح انسولین وگلوکاگن می شود، بنابراین ممانعت کننده از لیپوژنز می باشد. همچنین مصرف سویا باعث افزایش تیروکسین می شود که آن هم کاهش کلسترول را به دنبال دارد .محققان ثابت کرده اندکه اثر کاهش دهندگی کلسترول پروتئین سویا کاملا به ایزوفلاون ها که در سویا شامل Genistein Glycitein, Daidzein می باشند، بستگی دارد . این ترکیبات دارای خواص آنتی اکسیدان هم هستند واز اکسیداسیون LDL جلوگیری می کنند وباعث بهبود الاستیسیته رگها هم می شود .مشخص شده است که استروژن کاهش دهنده LDLمی باشد بنابراین می توان عنوان کرد که ایزوفلاونها عمل شبه استروژنی دارند .در مقایسه با پروتئینهای حیوانی ،پروتئین سویا جذب کلسترول واسیدهای صفراوی را در روده کاهش داده وافزایش دفع اسیدهای صفراوی را سبب می شود .