مصرف غيراصولي و غيرمجاز برخي مكمل‌ها مي‌تواند در دراز مدت عوارضي داشته باشد كه متاسفانه اين عوارض خود را نشان ندهند يا فرد به بروز آنها مقاومت داشته باشد. يکي از عوارض رايج، اختلال‌هاي گوارشي است که نوجوانان بسيار به آن مبتلا مي‌شوند. در بسياري موارد، افراد به خصوص نوجوانان، با شكايت از مشكلات گوارشي مانند اسهال يا يبوست به پزشك مراجعه مي‌كنند. وقتي آزمايش مدفوع تجويز و بررسي‌‌هاي لازم انجام مي‌شود، نتايج نشان مي‌دهد مشكل مصرف بيش از حد مكمل‌هاست كه معمولا افراد غيرکارشناس به آنها تجويز كرده‌اند و نتيجه اين كار برهم خوردن عملكرد دستگاه گوارش است. مصرف غيراصولي مكمل و داروهاي غيرمجاز حتي مي‌تواند باعث ناباروري در پسران و دختران شود.
يكي از مشكلاتي كه براي مصرف‌كنندگان مكمل‌هاي پروتئيني به وجود مي‌آيد، نارسايي کليه و کبد آنهاست كه معمولا با انجام آزمايش مشخص مي‌شود و غيرقابل‌برگشت است. اختلال در فشارخون، افسردگي، مشكلات پوستي، زخم اثني‌عشر، ريزش مو، گرفتگي و سفتي عضلات نيز گريبانگير مصرف‌كنندگان مكمل?ها خواهد شد. فرد براي بهتر شدن عملکرد ورزشي از اين مکمل‌‌ها استفاده مي‌كند اما به مرور دچار مشکلاتي مي‌شود.
