برخلاف باورعمومی مردم مقدار لطمه به مواد مغذی غذا هنگام پخت با ماکروفر کمتر از سایر روشهای پخت است.
پخت با ماکروفر ممکن است موجب ایجاد برخی ضایعات در مواد مغذی شود٬ ولی مقدار لطمه به غذا هنگام پخت با ماکروفر بیشتر از سایر روشهای پخت نیست و استفاده از ماکروفر برای پخت و پز مناسب‌تر از بسیاری دیگر روشهای پخت است. وی، مدت زمان کمتر حرارت دهی را به عنوان یکی از دلایل برتری پخت غذا با ماکروفرعنوان کرد و افزود: مدت زمان کمتر احتمال تشکیل بو و خشک شدن غذا را کاهش می‌دهد. همچنین مواد مغذی آن را نسبت به بقیه روشهای پخت بیشتر حفظ می‌کند.
از بین رفتن باکتری‌ها و دیگر عوامل بیماری‌زا باعث جلوگیری از ایجاد سمیت دراثر پخت با ماکروفر می‌شود که این از دیگر برتری‌های پخت غذا با ماکروفر است.بهتر است قطعات کوچکتر مواد غذایی در مرکز ظرف و قطعات بزرگتر در کنار ظرف باشند و درب ظرف در طی پخت بر روی آن باشد تا بخار در ظرف جمع شود و به پخت مناسب‌تر غذا کمک کند.
بهترین ظروف برای استفاده در ماکروفر، ظروف شیشه‌ای هستند و استفاده از ظروف فلزی معمول می‌تواند خطرناک باشد. پس از اینکه کار پخت در اجاق ماکروفر به پایان رسید، باید مدت کوتاهی صبر کرد و سپس غذا را از دستگاه خارج و مصرف کرد چرا که پخت غذا تا مدتی پس از خاموشی دستگاه ادامه دارد.
هنگامی که غذایی در این دستگاه یخ‌زدایی می‌شود، بهتر است در دستگاه جا نماند وهر چه سریع‌تر مورد استفاده قرار گیرد زیرا چنین غذایی آمادگی بالایی جهت آلودگی میکروبی و فساد دارد.
