معمولا اثرات جانبی مصرف سیر خفیف و غیر متداول است. ولی با زیاده روی در مصرف آن و در موارد خاصی مضر است. بعضی از این مضرات شامل موارد زیر است:
1- ظاهرا سیر تاثیری بر متابولیسم داروها ندارد، اما بیمارانی كه از داروهای ضد انعقاد خون مثل آسپرین استفاده می كنند، باید در مصرف سیر احتیاط كنند، زیرا سیر مانع از انعقاد خون می شود. از این رو افرادی كه جراحی می كنند، باید 7 تا 10 روز پیش از جراحی از خوردن سیر خودداری كنند، زیرا زمان خونریزی را طولانی تر می كند.
2- بنابر تحقیقات دانشمندی بنام «ری (REY)» زیاده روی در مصرف سیر، موجب سردرد و ضعف بینایی می شود. برای جلوگیری از این مضرات چند راه پیشنهاد شده است:
الف- پختن سیر در آب و اضافه کردن کمی نمک یا کره یا روغن بادام به آن.
ب- مصرف گشنیز به همراه مصرف سیر یا بعد از مصرف سیر.
3- چنانچه در مصرف سیر، مراعات سن و مزاج و فصل نگردد، مخصوصاً در مصرف سیر خام زیاده روی شود، برای دستگاه تنفسی و بیماری بواسیر مضر است.
4- زنان آبستن یا شیرده بهتر است از سیر استفاده نکند
