مصرف شیر سویا در حفظ سلامت کبد بسیار موثر است. پروتئین سویا تراکم چربی مضر در کبد و تری گلیسیرید (نوعی چربی مضر برای قلب) را ۲۰درصد کاهش می دهد. سویا از بدن در برابر بیماری کبد چرب محافظت می کند.این بیماری با چاقی مفرط که باعث از کارافتادگی کبد می شود، ارتباط دارد. چربی در اعضای بدن که نباید چربی ذخیره کند مانند کبد باعث می شود، عملکرد حیاتی آن عضو به خطر بیفتد. پروتئین سویا، به سوخت و ساز چربی کمک می کند و این امر مانع از ذخیره چربی اضافه در کبد می شود.